Tras la invasión napoleónica de España se desató por todo América una ola de independentismo. En el momento de la independencia, Nicaragua formó parte de las Provincias Unidas de Centroamérica y luego se emancipó totalmente en 1838.
Todo el siglo XIX en Nicaragua fue una sucesión de rivalidades y conflictos entre liberales y conservadores. Los liberales tenían su asiento en la culta ciudad de León (sede de la Universidad), mientras los conservadores hacían de Granada su feudo económico y comercial. Para acabar de complicar las cosas, la posibilidad de construir un canal interoceánico abrió los apetitos de las potencias europeas.